Water thinking

The water of life and the ecology of thinking

How to Make Slides Without Powerpoint (or LlbreOffice Impress)

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I started to use R Markdown with RStudio, but what is Markdown? :

“Markdown is a simple markup language designed to make authoring web content easy for everyone”

So it’s easy to do a report of the millions of figures and analysis  while experimenting with a dataset or developing a manuscript.

A good stating point is the post of Jeromy Anglim’s Blog about that.

Then I found that you could produce slides for presentations with only an additional step pandoc. The Markdown generated by RStudio can be converted to html slides and there are different “kinds” of slides you can convert to, and they look nice.
I have to prepare two talks for the RAE2012, so why not?

Los 10 Puntos Para Revisar Antes De Enviar Un Manuscrito

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Bueno esto lo extraje del muy recomendable blog de  Mike Kaspari asi que lo podemos llamar un afano, será un afano pero es util de todas formas.

Well this is extracted from the highly recommended blog of Mike Kaspari so we can call it a steal, but it will be a useful theft anyway.
  1. Get rid of every adjective modifying a relationship. Was x larger than y? Just say so. Saying it was much larger, or especially tiny, or amazingly huge adds no information.
  2. Replace long words with short words. Good writing maximizes the content of the message per number of letters used. Replace long words with short words of equal meaning. Replace utilization with use.
  3. Replace every “differed” or “was different” with the actual, quantitative relationship. Compare the content per letters used for the following two sentences:
    Plants fertilized with nitrogen differed in height from controls.
    Plants fertilized with nitrogen were 2.5 x taller than controls.
    Not only have you conveyed that nitrogen increased growth, you’ve given a vivid word picture as to how much. In fewer words!

     
  4. Make sure your Discussion has a caveat paragraph.

The Neutral Bomb

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This is not a sex bomb, but who knows. A couple of weeks ago I was giving a talk at the Escuela Argentina de Matemática y Biología about neutral and non-neutral models in ecology. I was pointed to the paper of  Clark 2012 The coherence problem with the Unified Neutral Theory of Biodiversity with the commentary: the neutral theory is uninformative. And the paper  basically says that neutral models or neutral theory is based on ignorance and that they are incoherent.
I think this is very interesting, but I disagree, here I review the last four points of the article:

Come Together

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Aggregation of objects is widespread phenomena in several sciences and of course in biology and ecology. Two cases I found and seem interesting to me are: the aggregation  in niche space: The clumping transition in niche competition, and the aggregation in neutral models: Clustering in neutral ecology.

This seems to depend only on the discreteness and finiteness of the objects and space. And in both cases the clumps have sizes distributed as power laws.
Furthermore when you have aggregation is possible that you will find multifractals, so is very possible that multifractals are widespread on ecological and biological phenomena.

All this introduction is because my article in Oikos is available as early view:

Multifractal growth in periphyton communities

Why Don’t You Take a Bath?

- - posted in confussion, eureka, psicology

I had a hard day, lots of data, many papers, many ideas crossing my mind, all ended in confusion, nothing was clear

I went home and my wife said why do not you take a bath?
 

Under the shower, soaping me, suddenly, everything was fixed in my head.
 

But this always happens to me, the best ideas come while I am taking a shower.
 

It looks like someone did the experiment and found the same:


Why greater ideas come when you are not trying?

(Went to bath)

(came back from bath)

The problem is that sometimes an hour passes and I am still under the shower, and I realize that because my fingers get wrinkled.

PS: next post will be about ecology: stochastic aggregation. 

How to Reach the Elite of Most Highly Cited Ecologists

- - posted in ideas

Ok, nobody’s gonna tell you that. But I was about to drink a relaxing glass of black wine and  reading some papers, everybody were sleeping.
And I found this: “Characterizing a scientific elite: the social characteristics of the most highly cited scientists in environmental science and ecology”
I like things that are not exactly as supposed to be.

How to be a successful scientist, I don’t know. I don’t even know if is important to be successful. But the really important thing is to enjoy life. Maybe they, the successful ones, they only do that.

So I enjoyed my wine and go to sleep.


Multifractals in PLoS ONE

- - posted in ideas, landscape ecology, multifractals, periphyton | Comments

We have just published a paper about ecological succession and multifractals and I like it:

Multifractal Spatial Patterns and Diversity in an Ecological Succession

I played around with some of the features of PLoS web, and we are the one of a few papers (4) published in PLoS with the keyword “multifractal” in the abstract. I feel I am not alone in the world.

again I used my open source software

https://github.com/lsaravia/mfsba

Besides it is not discussed enough in the paper, this is about comparing different landscapes using multifractals. And one of the drawbacks of the method is that you need several images to compare different situations. I am thinking of improving it to include the case of one image for each situation. ¿How this can be done? Using bootstrapping to obtain confidence intervals around generalized dimensions \(D_q\). Another, much easier, improvement would be to report maximum likelihood estimators of \(D_q\) along with the ones obtained by linear regression.

El Yaguareté en Peligro De Extinción en Argentina

- - posted in Panthera onca, conservation


Nuestros colegas del Centro de Investigaciones del Bosque Atlántico (Ceiba, www.ceiba.org.ar) en Misiones, nos informan de la inminente pavimentación de la ruta nacional 101, proyecto que incluye el tramo que atraviesa el Parque Nacional Iguazú y nos comentan que, además de fragmentar una de las pocas porciones continuas del bosque atlántico en Misiones, el impacto de esta obra podría poner en peligro la conservación de la fauna que habita el área, y en particular del yaguareté, ya que muchas de estas especies utilizan habitualmente esos caminos para desplazarse.

Y en relación al yaguareté, declarado Patrimonio Natural Provincial en Misiones y Monumento Natural Nacional y que enfrenta peligrosamente la extinción, nos llega la segunda y muy triste noticia. Un ejemplar de esta especie, monitoreado por los científicos locales desde hace varios años, fue hallado brutalmente asesinado por cazadores furtivos (www.vidasilvestre.org.ar/sala_redaccion/?4806). Si bien esta práctica está penada por la ley, la caza por diversión es la principal amenaza actual de esa población de yaguaretés que cuenta con menos de 60 individuos. Nuestros colegas apenadamente comentan, que los recursos humanos y materiales disponibles para controlar la caza furtiva distan de ser suficientes. Y aunque algún lector distraído pueda pensar que se trata de solamente un animal y un caso puntal, en realidad estamos ante un caso más de tantos, y nos llama una vez más a reflexionar sobre nuestro rol ya sea como estudiosos de la naturaleza o como ciudadanos interesados en la conservación de nuestras especies y recursos naturales.

Nuestros colegas en Misiones tomaron “el toro por las astas” y están haciendo distintas presentaciones, cartas, petitorios hasta incluso denuncias judiciales tendientes a revertir la decisión de la pavimentación de la ruta como la preocupante situación de conservación de los yaguaretés. Que bueno sería que asumamos el compromiso de acompañarlos y apoyarlos en estas iniciativas. Quizás seamos nosotros los que el día de mañana tengamos que hacer lo mismo que ellos por nuestras comunidades y sus recursos. Ojala ese día contemos con el apoyo de toda la comunidad científica. Involucrarnos, acompañar, apoyar, esas también son nuestras obligaciones, no solo para con nuestros compañeros de profesión sino también para con la sociedad en su conjunto.

 
Extraido del boletín AMEN (Agenda mensual electrónica de noticias en Ecología)

RAE 2012 - Segunda Circular

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Se acerca la Reunión Argentina de Ecología y esperamos que toda la comunidad de ecólogos y ecólogas comience a hacernos llegar sus trabajos.
En esta circular incluimos algunas informaciones importantes al respecto.

Presentación de resúmenes


Recuerden que hay tiempo solamente hasta el 30 de abril para presentar los resúmenes.
La presentación se hará a través de la página de Internet: www.rae2012.com.ar, habilitada sólo para el envío de resúmenes A PARTIR DEL 1 DE MARZO Y HASTA EL 30 DE ABRIL.
Para poder cargar el resumen en el formulario, el autor o autora responsable de la presentación deberá tener paga la inscripción. Cada inscripto podrá ser responsable de la presentación de hasta dos trabajos en cualquier modalidad aunque no hay límite en el número de co-autorías. Al momento de ingresar los datos del pago de inscripción, el sistema le asignará un número que le será requerido cuando suba su resumen en la página. Para esto, deberá seguir las instrucciones de carga que estarán disponibles en la página.
La extensión máxima del texto del resumen (sin contar título, autores, filiaciones, ni palabras clave) es de 300 palabras; el título no superará los 150 caracteres (con espacios incluidos). El resumen breve tendrá un tamaño no mayor de 300 caracteres (con espacios incluidos). Deberá usarse la fuente Arial 10, sin justificar y con espaciado sencillo, excepto en el título en que se usará Arial 12, mayúscula y negrita
El campo Autores se completará con: Apellido (inicial con mayúscula, resto en minúsculas), seguido por las iniciales de los nombres en mayúsculas. El autor que expone el trabajo deberá estar subrayado. Cada nombre deberá estar seguido de un superíndice numérico que remita a su filiación.
Las palabras clave serán tres como máximo.
El resumen deberá incluir claramente los objetivos del trabajo, metodología, resultados y conclusiones. No deberá incluirse bibliografía.
Tenga en cuenta que el resumen breve estará impreso junto con el programa, de modo que será el que guíe al lector para asistir o no a la presentación de acuerdo a su interés, por lo tanto es deseable que incluya el problema o la pregunta general planteada en el trabajo.

Al momento de subir el resumen deberá indicar el tipo de presentación preferida (oral o póster) y el área temática a la que pertenece el resumen (agroecosistemas, biogeografía, comportamiento, comunidades, conservación y manejo, ecofisiología y ecotoxicología, ecología teórica, ecología urbana, ecología y educación, ecosistemas, interacciones planta-animal, poblaciones, otra).

Continúan:

Llamado a la organización de simposios

Toda persona interesada en proponer y organizar un simposio, por favor, envíe su propuesta de acuerdo al siguiente esquema:
Título del simposio
Organizador/a
Invitados/as
Duración estimada
Detalles de organización que quieran agregar

Llamado a cursos de postgrado

Toda persona interesada en proponer y dictar un curso pre o post-congreso, por favor, envíe su propuesta de acuerdo al siguiente esquema:
Título del curso
Profesor/a a cargo
Equipo docente
Preferencia (pre o post), carga horaria, fechas disponibles.
Detalles de organización que quieran agregar

Toda la información que nos envíen (simposios, cursos, preinscripción) debe ser remitida al correo electrónico: rae2012unlu@yahoo.com.ar

Actualizaremos la información en la página de internet del congreso: www.RAE2012.unlu.edu.ar



Les recordamos el monto de las inscripciones (socios con cuota 2012 paga)

Categoría
Inscripción hasta el 30/04/12
Incripción después del 30/04/12
Estudiantes de grado
$150.-
$250.-
Profesionales socios
$300.-
$500.-
Profesionales no socios
$600.-
$800.-


Organizan:
Instituto de Ecología y Desarrollo Sustentable (INEDES – UNLu)
Asociación de Ecología de Luján (ACIEL)