Generate Niche Model Food Web(s)

This function generates one or multiple food webs using the Niche Model proposed by Williams & Martinez (2000). The model assumes that each species has a niche value and consumes resources within a defined range.

Usage

generate_niche(S, C, nsim = 1)

Arguments

S

Integer. The number of species in the community. Must be S > 1.

C

Numeric. The connectance (fraction of realized links). Must be 0 < C ≤ 1.

nsim

Integer. The number of networks to generate (nsim ≥ 1).

Value

If nsim = 1, returns a binary adjacency matrix (S × S). If nsim > 1, returns a list of igraph objects, each representing a food web.

References

Williams, R. J., and N. D. Martinez. 2000. Simple rules yield complex food webs. Nature 404:180–183.

Examples

generate_niche(20, 0.1)        # Single adjacency matrix
#> IGRAPH 39e4fcb D--- 20 53 -- 
#> + edges from 39e4fcb:
#>  [1]  1-> 3  1-> 5  1->19  1->20  2-> 3  2-> 5  2->19  2->20  3->10  3->13
#> [11]  3->15  3->18  3->20  4->10  4->13  4->15  4->18  4->20  5->10  5->13
#> [21]  5->15  5->18  5->20  6->10  6->13  6->15  6->18  6->20  7->10  7->12
#> [31]  7->13  7->15  7->20  8->12  8->13  8->15  8->20  9->12  9->13  9->15
#> [41]  9->20 10->12 10->13 10->15 10->20 11->15 11->16 11->17 12->16 12->17
#> [51] 13->14 13->17 14->17
generate_niche(20, 0.1, nsim=5) # List of 5 food webs as igraph objects
#> [[1]]
#> IGRAPH fe545c9 D--- 20 53 -- 
#> + edges from fe545c9:
#>  [1]  1-> 3  1-> 4  1->11  2-> 3  2-> 4  2-> 8  2->10  3-> 8  4-> 7  4-> 8
#> [11]  5-> 7  6-> 9  6->13  7->13 10->18 10->19 11->18 11->19 12->15 12->18
#> [21] 12->19 13->15 13->18 13->19 13->20 14->15 14->17 14->18 14->19 14->20
#> [31] 15->15 15->17 15->18 15->19 15->20 16->15 16->17 16->18 16->19 16->20
#> [41] 17->15 17->17 17->18 17->19 17->20 18->17 18->18 18->19 18->20 19->17
#> [51] 19->18 19->20 20->17
#> 
#> [[2]]
#> IGRAPH fca9dd7 D--- 20 50 -- 
#> + edges from fca9dd7:
#>  [1]  1->11  2-> 4  2-> 6  2->16  2->18  3-> 4  3->16  3->18  4-> 5  4-> 7
#> [11]  4-> 9  4->15  5-> 5  5-> 7  5-> 9  5->15  6-> 7  6->15  7->12  7->15
#> [21]  8->12  8->15  8->17  9->12  9->15  9->17 10->12 10->13 10->14 11->12
#> [31] 11->13 11->14 12->14 12->19 13->19 13->20 14->19 14->20 15->19 15->20
#> [41] 16->19 16->20 17->19 17->20 18->19 18->20 19->19 19->20 20->19 20->20
#> 
#> [[3]]
#> IGRAPH c430743 D--- 20 49 -- 
#> + edges from c430743:
#>  [1]  1-> 2  1-> 6  1-> 9  1->14  1->15  2-> 2  2-> 6  2-> 9  2->14  2->15
#> [11]  3-> 8  3->14  3->15  3->16  4-> 8  4->14  4->15  4->16  5-> 8  5->14
#> [21]  5->15  5->16  6-> 7  6->15  6->16  6->19  7-> 7  7->16  7->19  8-> 7
#> [31]  8->10  8->16  8->19  9-> 7  9->10  9->13  9->16  9->19 10->17 10->18
#> [41] 11->17 12->17 13->17 14->17 15->17 16->20 17->20 18->20 19->20
#> 
#> [[4]]
#> IGRAPH 85fd121 D--- 20 49 -- 
#> + edges from 85fd121:
#>  [1]  1->12  2-> 6  2-> 8  2->13  3-> 7  3-> 8  3->13  3->17  4-> 7  4-> 8
#> [11]  4->13  4->17  5-> 8  5->13  5->14  5->17  6-> 8  6->13  6->14  6->17
#> [21]  7->14  7->16  7->19  8->14  8->16  8->19  9->14  9->16  9->19 10->14
#> [31] 10->15 10->16 11->14 11->15 11->16 12->15 12->16 13->15 13->16 13->20
#> [41] 14->16 14->20 15->16 15->20 16->20 17->20 18->20 19->20 20->20
#> 
#> [[5]]
#> IGRAPH 290c877 D--- 20 56 -- 
#> + edges from 290c877:
#>  [1]  1-> 2  1-> 6  1-> 8  1-> 9  2-> 3  2->12  3->12  4->12  5->12  5->17
#> [11]  5->18  5->19  6->12  6->17  6->18  6->19  7->10  7->11  7->13  7->16
#> [21]  7->18  7->19  8->10  8->11  8->13  8->16  8->18  8->19  9->10  9->13
#> [31]  9->16  9->18  9->19 10->16 10->19 11->16 11->19 12->14 12->15 12->19
#> [41] 12->20 13->14 13->15 13->19 13->20 14->14 14->15 14->19 14->20 15->14
#> [51] 15->15 15->19 15->20 16->20 17->20 18->20
#>