Water thinking

The water of life and the ecology of thinking

Percolation and Scaling in Ecology

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Scaling is a central theme in ecology, well this is my opinion, but there are others that think like me, for example Brian Enquist, that organized a symposium for the 100th anniversary of the Ecological Society of America Scaling in Ecology. He mentioned that two of the most influential papers from ESA were about scaling: Simon Levin The Problem of Pattern and Scale in Ecology and J.H. Brown The Metabolic Theory of Ecology. But why some processes permeate through scales and others do not; scaling is important because it implies something that crosses scales, did you ever heard the phrase: think globally act locally. Our new preprint analyzes what happens when one species percolates through the landscape

Modelos De Metapoblaciones en R

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La semana pasada dicté un curso de posgrado sobre metapoblaciones utilizando lenguaje R, basicamente es una introduccion a la modelación de metapoblaciones utilizando el modelo cĺásico de Levins y agregando estocacidad como error de proceso, error de observacion, usando tiempo continuo con procesos de Markov y usando sistemas de particulas interactivas para hacerlo espacialmente explícito.

Les dejo la pagina web con las diapositivas y el material que utilizamos en clase:

Metacommunities or Self Organization Principles

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I am thinking of writing in Spanish, because Spanish is my mother language, but there seem to be not much people writing about ecological science in Spanish. At the end I started to think in English and then write in English, so the next one should be in Spanish, who knows.

I have a sensation about metacommunity theory, I think that divides things too much.

The metacomunity concepts from Logue et al. (2011). NM: Neutral Model, PD: Patch Dynamics, ME: Mass Effect, and SS: Species-Sorting.


XXVI Reunión Argentina De Ecología (2014): 1ra. Circular

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XXVI Reunión Argentina de Ecología

Comodoro Rivadavia, Chubut

2 al 5 de noviembre de 2014

Primera circular

Tenemos el agrado de darle la bienvenida a la XXVI Reunión Argentina de Ecología (RAE2014) a desarrollarse en el Predio Ferial de la ciudad de Comodoro Rivadavia, Chubut, Argentina, entre los días 2 y 5 de noviembre de 2014.

A Protocol Towards a General Theory of Community Ecology

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Definitive answers are scarce in biology 1 2 but if we want the advance of ecological knowledge we should reach a point where we have a theory we can trust, and can be used for prediction.

Besides the use of experimental micro/mesocosmos has been criticized I advocate for its use in testing and generating ecological theory, using the following steps:

  1. Do a experimental microcosm with a temporal and spatial homogeneous environment

  2. Extend the experiment until the community reach steady state

  3. Fit or compare with any community model of your taste

These were the 3 basic steps, but the fourth is the critical one:

Multifractals in Ecology Using R

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This is a course that I gave at the Limnology Institute of the University of Maringá, Brasil. It is an introduction to power laws and generalized dimensions (fractals and multifractals) with applications to ecology, at the same time I introduce the R statistical lenguaje. The slides are written in Markdown and the sources are on https://github.com/lsaravia/MultifractalsInR

SOLABIMA 2da Circular

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8vo Congreso Latinoamericano de Biomatemática – 2013

Luján – Argentina

15 al 18 de octubre de 2013

Estimados y estimadas colegas:

El congreso se acerca y necesitamos activar la comunicación con todos ustedes. Aquí van algunas de las principales novedades:

Página de internet y correo electrónico

Ya están funcionando nuestra página de internet y nuestro correo electrónico (al cual les rogamos que escriban de ahora en adelante en todo lo relativo al congreso). La dirección de la página es http://www.solabima2013.com.ar, el correo electrónico es congreso@solabima2013.com.ar.

Es muy importante que se registren en la página para que tengamos una estimación de los asistentes y podamos planificar el uso del espacio eficientemente para todas las actividades.

A través de la página podrán, luego de registrarse, subir los resúmenes y los trabajos completos. No dejen para último momento el envío de los resúmenes, recuerden que, debido a la fecha avanzada de cierre que hemos dispuesto (6 de septiembre) no habrá prórroga.

SOLABIMA 1era Circular

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8vo Congreso Latinoamericano de Biomatemática – 2013

Luján – Argentina

15 al 18 de octubre de 2013

Estimados y estimadas colegas:

Nos complace anunciar la realización de nuestro congreso que este año contará nuevamente con la presencia de especilistas de renombre y una serie de actividades de gran interés.

La reunión se realizará en la ciudad de Luján, provincia de Buenos Aires, Argentina. Un lugar hospitalario, con buena hotelería y gastronomía y una intensa actividad cultural; además, se encuentra a sólo 60 kilómetros de la ciudad de Buenos Aires lo que le permite un fácil acceso desde cualquier lugar del país o del extranjero. Desde 1994, cuando se realizó en esta ciudad en III Encuentro Latinoamericano de Ecología Matemática, Luján ha sido sede de varios cursos internacionales en el tema y recientemente (en septiembre de 2012) ha sido sede de la Reunión Argentina de Ecología con gran éxito.

Making Slides Without Powerpoint/impress Reloaded

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After doing html slides what’s next?

Beamer

Beamer is a LaTeX class for creating slides for presentations.

But I know nothing about Beamer neither about LaTeX.

I wanted to convert the html presentations to Beamer, because the output of Beamer/LaTex is pdf, and pdfs shows nicely in figshare.

Ok, pandoc comes to rescue us, I already have the files I’ve done with Rstudio and knitr which I described in the previous post so it’s very easy, with pandoc you can generate html slides or Beamer slides:

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pandoc -t beamer RAE2012_DivPatron_charla.md -V theme:Warsaw -o RAE2012_DivPatron_charla.pdf


but the result is not very good, the images were BIG, very BIG.